Chaque organe n’est pas simultanément actif à la même heure du jour et de la nuit. L'horloge organique chinoise se fonde sur ce fait et on étudie actuellement ces corrélations sous la notion de "chronobiologie". Il y a longtemps, les Chinois ont créé un cadran qui n'est pas divisé par 12, mais par 24 heures, et propose ainsi une vision sur toute la journée et toute la nuit. Il révèle à quel moment quel organe a son pic d’activité. Sa période d’inactivité est également évidente, elle se situe en opposition de la période d’activité.

La médecine chinoise utilise l'horloge organique pour savoir à quels organes se référer pour la maladie physique d'un patient. Le fonctionnement est très simple: si les douleurs apparaissent de manière fréquente ou régulière toujours aux mêmes heures, on peut voir selon l’horloge l’organe en cause qui est actif à ce moment. Les organes voisins sur le cadran pourraient aussi selon la médecine chinoise expliquer la cause des souffrances.

L'estomac par exemple est actif entre 7 et 9 heures du matin. C’est pour cela que c’est le moment idéal pour prendre un gros petit déjeuner, puisque l'estomac commence sa phase de digestion de protéines. Entre 19 et 21 heures, l'estomac a sa plus faible activité, ce qui est à l’encontre de l'habitude de manger des repas lourds à des heures tardives. Si on le fait néanmoins, on peut en ressentir les inconvénients entre 23 heures et 1 heure du matin, lorsque la bile, importante pour la digestion, est dans sa phase active. Cela vaut aussi pour le foie voisin sur l’horloge organique. Si on consomme le soir une alimentation grasse et lourde, par exemple une raclette ou une fondue, on ne doit pas s'étonner d’être dérangé dans son sommeil à trois heures du matin par l'activité du foie et d’avoir du mal à se lever le lendemain matin.